Non hai fatto quindi una installazione pulita se hai ancora file nella memoria interna..?
Si prova col format e i wipe delle cache.
Il restore inizialmente l'avevo creato su misura per i temi ellipse poi ho aggiunto altre cartelle e png sulla base dei temi del nostro grande @
gino66.
Però è possibile che tra tutti questi temi mi sia perso un po e che ci possa essere qualche immagine o qualche cartella che non è stata compresa.
Per risolvere ho creato il total restore. Un po pesantino da scaricare ma ripristina le app per intero.
Se ci metti sopra il tema lollipop sovrascive le immagini dell'xperia con quelle ma può benissimo rimanerne qualcuna che nel tema lollipop non è stata modificata.
Certo strano che le icone delle impostazioni non siano cambiate.
Tanto per....controlla in /system/app se l'app secSettings.apk è un collegamento.
EDIT. tieni il link se non lo vuoi scaricare dal telefono:
TOTAL-RESTORE_2.6.zip