Questo https://www.androidiani.com/forum/mo...-autoroot.html fai il cf 6.4 che è compreso di recovery e dopo aver azzerato il counter aggiorni la recovery.
Sa msung tool lo puoi pure disinstallare riguardo busy box ti può tornare utile magari qualche applicazione te lo chiederà.
Io uso xposed 2.6 su stock 4.3 ed al momento nessun problema.